历史遗留违法建筑是不能买卖的，但是深圳一般有一种变通做法，如果是集体经济组织统一建设的，他们会给你出个合同，上面盖上村的章，作为买房的证据。如果是私人的，一般就是找律师公证。
遇到拆迁的时候，开发商一般情况下，都会认同你拿出的与村里或经过律师公证后的协议作为你拥有房屋产权的凭证。当然，相应的拆迁补偿也就是给买家（也就是业主了），一般不会发生冲突。
有冲突的，一半是买房时就有的。比如卖方本身就权属不清，又多人都同时申请所有权。还有就是卖方一房多卖。导致拆迁补偿的时候，不知道到底赔给谁。需要确认最终结果。像深圳之前就有过很多拆迁赔偿的案例，比如布吉的南门墩、木棉湾、福田的岗厦，南山的大冲，许多村民都是通过拆迁致富的，业主只需要提供购房合同和律师见证就可以获得赔偿。现在布吉的李屋村就有旧改规划，华侨城集团红线内拆迁房，2房一般是80万左右，3房大概是90来万，投资回报率高
总之 正常来说，小产权房购买在深圳算是比较平常的事了，问题不算大
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